1966年，正当中国的经济情况日益好转，形势要求中国共产党把工作重点转移到经济建设上来，为发展生产力，实现四个现代化而奋斗的时候，“文化大革命”这场灾难，突然降临在中国大地上。
“文化大革命”对于周恩来来说，是突然的。他没有思想准备，被动地卷入了这场狂风暴浪中。
“文化大革命”开始前，江青到上海同张春桥合谋，“借用上海攻打北京”，组织批判北京市副市长、历史学家吴晗
《海瑞罢宫》这一文章。当时，周恩来是中共中央副主席、国务院总理，江、张等约定向周恩来封锁消息。文章写出后，江青说：“不叫周恩来青。”《评<海瑞罢官>》一文1965年11月10日在上海《文汇报》刊出，《人民日报》被迫转载。转载时加的编者按，是经过周恩来审阅修改的。他在编者按中强调要贯彻“百花齐放，百家争鸣”的方针，以“说理方法，实事求是，以理服人”地讨论问题。他是按照学术问题来看待的。
1966年2月，林彪、江青策划的部队文艺工作座谈会由江青主持在上海召开。在这个会上，攻击了周恩来，说周恩来对文艺创作提出的“革命化、民族化、群众化”的要求是“资产阶级也可以提的”。戴上了很大的“帽子”。
1966年春天，北方大旱。周恩来忙于八个省、市、自治区的抗旱工作。他亲自兼任河北和北京抗旱工作组的组长，深入各地推动抗旱。3月，邢台发生强烈地震，周恩来不顾余震危险，大地还在颤动，他就赶到灾区。接着是陪同阿尔巴尼亚党政代表团在我国参观访问。5月25日，北京大学聂元梓等贴出所谓“第一张”大字报，煽动揪斗老干部，冲击各级党委。周恩来批评了这张大字报，但是康生背着刘少奇、周恩来、邓小平，把大字报底稿送给了在外地的毛泽东。大字报在电台播出了。之后，周恩来率领中国党政代表团访问罗马尼亚、阿尔巴尼亚、巴基斯坦，回国后，又忙于接待尼泊尔王太子比兰德拉·沙阿。外事工作告一段落时，已经是毛泽东批评派工作组的时候了。周恩来在中共中央的会议上，对这件事承担了责任，说：对工作组的问题，留在北京中央工作的我们几个人都要负责。他同时保护性他说：工作组“绝大多数的干部都是好的”。在中共八届十一中全会上讨论《关于无产阶级文化大革命的决定》时，周恩来和陶铸商量并经毛泽东同意后，删掉了原稿中的“黑帮”、“黑线”一类提法，加入了不少限制性的政策规定，如严格分别两类不同性质的矛盾，对干部队伍要区别对待，好的和比较好的是大多数，要团结95％以上的干部和群众；要文斗不要武斗；不要把运动与生产对立起来；保护科技人员，等等。
1966年5月中共中央政治局扩大会议和8月的八届十一中全会，是“文化大革命”全面发动的标志。林彪、江青一伙打着“中央文革”的牌子，在背后唆使学生、红卫兵“造反”，“火烧”、“炮轰”各个方面的领导干部，意图搞得天下大乱，以便他们乱中夺权。党内外广大干部忧心忡忡，希望中央稳住局面。中共八届十一中全会后，周恩来主持中央政治局的日常工作。他极力平稳局势，但做起来是十分艰难的。当时，“文化大革命”的实际领导权由林彪、江青、陈伯达、康生一伙把持着，而且显然得到毛泽东的支持。这是一种非常错综复杂的局面，这是一场持续而曲折的斗争。
有的外国作家描述道：“周恩来像个绝妙的骑手试图骑在一匹脱缰之马的背上，并最终制服它。”
所谓的“文化大革命”像洪水猛兽，这时已冲击到地方党政领导机关和经济部门，红卫兵冲击机关，揪斗干部的事不断发生。8月下旬，周恩来指示中共北京市委在劳动人民文化宫成立北京市大、中学校红卫兵联络总站。联络什么呢？他是要把洪水纳入河道中去流。他以中共中央、国务院的名义在联络总站内设立办公室，及时解决红卫兵提出的问题。接着，他召开红卫兵座谈会，宣传、解释党的政策。从8月下旬到12月中这三个多月时间里，周恩来参加红卫兵的大型汇报会、座谈会等在40次以上；小型的、个别的约见谈话就更多了。有些会长达四五小时，有些会通宵达旦，他千方百计引导青少年按党的政策办事。周恩来在讲话中，一再指出建国以来的17年中，党和政府的工作成绩大于缺点，要区别两类不同性质的矛盾，对干部要一分为二；犯了方向性、路线性错误的，并不等于“黑帮”。也不是不革命，更不是反革命。他谆谆告诉红卫兵：“不能说全中国的大学、中学所有的领导都是走资本主义道路的当权派，党政机关的领导都是走资本主义道路的当权派”，“某些领导机关的某些领导同志犯了错误，而这个错误即使是某一个时期的路线错误、方向错误，也不能划等号就是‘黑帮’”。“所以，不是说一切领导机关都要‘炮打’，不是一切领导人都是路线错误、方向错误，不是一切领导人都是‘黑帮’。”
学校“停课闹革命”了，幼稚的青年们冲向社会，开始了遍及全国城乡的大串连，到处“造反”，社会动荡不安。9月中旬，由周恩来定稿的中共中央《关于县以下农村文化大革命的规定》、《关于抓革命促生产的通知》，报毛泽东后发出。其中规定：各单位凡已开展“文化大革命”的，应当在党委统一领导下，迅速组成抓革命和抓生产、抓业务等两个班子；“县以下各级的文化大革命，仍按原‘四清’部署结合进行”；“北京和外地的学生、红卫兵”，“均不到县以下各级机关和社、队去串连”；“各生产企业、基本建设单位，科学研究、设计和商业、服务行业的职工，都应当坚守岗位”，“学校的红卫兵和革命学生不要进入”；等。这两个文件发下去后，各级党委松了一口气。它们维护了生产建设战线和城乡基层单位的相对稳定，制约了“文化大革命”初期的破坏性影响。
这月下旬，周恩来主持批转人民解放军总参谋部、总政治部关于农村、工矿企业事业单位、党政机关、群众团体不成立红卫兵等组织的建议，报毛泽东同意后发出。同日．又报毛泽东后发出中共中央指示：学生和红卫兵不到医院串连，医院内部按上述总参谋部、总政治部的建议办。周恩来还专门加了一句：“已经有红卫兵组织的，不再进行发展，也不再进行内外串连”，要他们自动地取消。
这月底，周恩来在审阅《人民日报》国庆社论稿时，认为“将两类矛盾没写清楚，这对当前运动的领导会发生影响”。并亲自作了修改。10月1日，林彪在建国17周年庆祝大会的讲话中提出“无产阶级革命路线同资产阶级反对革命路线的斗争”。同月，毛泽东提出“彻底批判资产阶级反动路线”。10月1日出版的《红旗》杂志第13期发表社论，也提出“对资产阶级反动路线，必须彻底批判。”周恩来不同意这一提法，为此专门找了毛泽东，说明党内历来提路线问题都是说“左”倾右倾，并没有“资产阶级反动路线”这样的提法，这样提合适吗？毛泽东坚持自己的看法。周恩来则在后来多次接见群众代表的讲话中，反复强调“资反路线”错误是认识问题，属于人民内部矛盾。
对于周恩来的言行，江青一伙感到十分恼火。9月底，江青让陈伯达送给周恩来一份所谓几个院校群众组织的汇报材料，里边攻击周恩来“和稀泥”。在江青、康生、陈伯达授意下，由王力、关锋执笔的《红旗》杂志社论中，提到反对“折衷主义”。清华大学大字报也指责“周总理有折衷主义”。林彪、江青一伙公然诬蔑周恩来是“救火队长”。但是，周恩来并不因此而停止采取稳定局势的措施。他又主持起草并发出中共中央文件，指出：“革命学生组织不要限制原工作组或学校当局和上级党政机关领导同志的行动自由，使他们得不到必要的休息。”“机密、要害部门、新闻、广播部门和中央局首脑部门，一律不进行革命群众的内外串连。”“不应干涉机关内部革命或妨碍机关正常工作，不应率领群众进出机关办公科室，进驻或封闭机关，搜查机关文件，或要求设联络站，特别是不许进入机关中的机要、通讯和技术保密部门。”文件指出，上述方法，可以同样适用于革命学生组织与农村公社、城市企业、事业单位和科学研究设计机构之间的革命串连，“也不应干涉他们本身的革命和生产、业务问题”。11月初，上海的“造反派”王洪文等煽动群众攻击中共上海市委，10日制造了沪宁铁路全线中断行车30多小时的“安亭事件”。周恩来、陶铸对他们进行了严肃批评。但是，“中央文革”派去上海处理这一事件的张春桥，同王洪文达成协议。同意他们的要求，为自己培植了一支篡党夺权的帮派势力。
在中央，周恩来继续努力控制局面。11月中旬，他把一批单位列为重点，不准外面的人去冲击。同月，他起草了北京大、中学校师生暂缓外出串连的通知。他还采取了其他一些措施。可是，由于林彪、江青一伙的阻挠、破坏，很多措施没有能实现。
1967年1月1日，《人民日报》、《红旗》杂志联合发表了经毛泽东审定的元旦社论，号召“向党内一小撮走资本主义道路的当权派和社会上的牛鬼蛇神，展开总攻击”。张春桥、姚文元急忙赶到上海，接见“造反派”组织“工总司”的头头们说，“当前的基本问题是把领导权从走资派手里守回来。”6日，在他们指挥下，以王洪文等为首的“造反派”篡夺了上海市党政大权，刮起了“一月风暴”。接着，山西、贵州、黑龙江、山东等省党政领导机关先后被所谓“造反派”夺权。夺权之风遍及全国，加剧了混乱的局面。1月下旬，周恩来和徐向前、聂荣臻、叶剑英等一起修改《中央军委命令》稿，形成军委“八条命令”，如一切指战员及其他工作人员不得擅离职守，必须坚守岗位，严格区分两类矛盾，不允许无命令自由抓人、任意抄家、封门，不允许体罚或变相体罚，如戴高帽、挂黑牌、游行、罚跪等。周恩来把这个文件以中共中央的名义发下去，指出八条命令“除第七条关于军队的文化大革命的部署外，其他各条，都适用于地方”，力图扭转混乱局面。2月中旬，由周恩来主持在怀仁堂召开的碰头会和稍前召开的军委会议上，谭震林、陈毅、叶剑英、李富春、李先念、徐向前、聂荣臻等对“文化大革命”的错误作法表示强烈不满，对林彪、江青、康生、陈伯达一伙诬陷迫害老干部，乱党、乱军的罪恶活动进行了大义凛然的斗争。周恩来在会上还责问“文革小组”一伙：《红旗》第13期社论发表前为什么不送阅？在2月16日碰头会的激烈斗争之后，当天晚上，张春桥、姚文元、王力就秘密整理了《二月十六日怀仁堂会议》材料，经与江青密谋，向毛泽东作了汇报。毛泽东在18日晚严厉批评了这些老同志。从2月25日起到3月18日，江青、康生，陈伯达等在中央召开的多次会议上，以“二月逆流”的罪名批斗这些同志，江青一伙指责周恩来是“二月逆流总后台”。
1966年下半年，“中央文革小组”已经通过”造反派”散布“新文革与旧政府”的矛盾，把矛头对准国务院和总理周恩来。1967年初，北京大街上连续出现打倒周恩来的标语。江青曾多次召集黄永胜、吴法宪、叶群、李作鹏、邱会作、张春桥、姚文元在钓鱼台诽谤周恩来。周恩来巍然不动。2月18日，他接见国防工业口“造反派”代表时，继续指出：宣传、财政、外交、国防、国防工业等大权属于中央，不能夺；走资派有的地方不一定有，即使有也是少数人。3月21日，他在一个文件上加了这样一段：“要正确对待干部问题。对他们要进行调查研究，阶级分析。对犯错误的各级领导干部要根据党的政策，按其情节轻重分别处理，不要不分青红皂白，一概排斥，一概打倒。”康生给外交路线扣上了“三降一灭”的帽子，有人告知周恩来，周恩来说：“不通。”在他主持中央碰头会时，还通过了《中共中央关于禁止挑动农民进城武斗的通知》。
另一方面，林彪、江青一伙对周恩来的攻击和诬蔑不断升级。1967年5月，军队中文艺界的两派都要为纪念《在延安文艺座谈会上的讲话》发表25周年而演出。周恩来和中央军委总政治部都希望“两派同台演出”，以利于促进团结。但是林彪、叶群支持一派，挑起武斗，造成了流血事件。这月，造反派贴出炮打周恩来的大字报、大标语，并称“总理是老保”。6、7月间，“中央文革小组”一伙多次在会议上提出：中国人民解放军的创建日期不应是“八一”南昌起义，而应是“九九”秋收起义。也在这期间，江青把解放前国民党报纸上伪造的所谓“伍豪等脱离共产党启事”送林彪、周恩来、康生，说什么“他们查到一个反共启事，为首的是伍豪（周××）”。周恩来立即以事实加以驳斥，说明“纯属敌人伪造”。林彪和“中央文革”一伙企图整垮周思来的迹象越来越明显，王力、关锋、戚本禹加紧组织和操纵着反革命阴谋集团“五一六兵团”，连续抛出反对周恩来的大字报、标语、传单，他们要夺“旧国务院的大权”。王力在8月7日讲话，煽动群众夺取外交部大权，矛头直指周恩来，江青、康生、陈伯达都表示支持。随即发生了火烧英国驻华代办处那样的一系列涉外事件，严重破坏了我国的对外关系和声誉，林彪在8月9日鼓吹“要建立新的国家机器”；江青提出“文攻武卫”的口号煽动武斗，全国混乱达到顶点。周恩来把王力的讲话送给在外地的毛泽东阅，毛泽东看后指出是大、大、大毒草。8月底，毛泽东批准周恩来的报告，对王力、关锋实行隔离审查，陈伯达才被迫宣布：外交大权归中央，由周总理负责。9月上旬，周恩来在北京市革委会扩大会议上讲话，批评红卫兵对形势的错误估计和“揪军内一小撮”、“对香港、九龙的斗争”等错误作法。他在会见广州地区各派赴京代表时疾呼反对武斗，制止武斗。他对财贸口各部“造反派”要夺武器、夺金库表示强硬态度，说：“夺就是非法的，当场就要逮捕”；“如果你们组织一些人去夺金库，那你们算造反派，还是强盗？”“如果夺金库就开枪”。他在接见前往哈尔滨的调查组人员时，批评了7、8月间极左思潮的煽动，指出现在的中心问题是反对武斗，反对夺枪，抓革命，促生产，促业务。经过艰苦的工作，全国的形势逐渐稳定下来。
林彪、“四人帮”利用“文化大革命”篡党夺权，他们的首要一着，是打倒一切党政机关领导人。因此，保护领导干部还是打倒领导干部，是当时极为尖锐的斗争焦点。在这暴风雨般的年代中，周恩来身处中央岗位，他殚精竭虑，努力保护一切他力所能保护的同志。
1965年11月《人民日报》被迫转载姚文元的《评海瑞罢官》后，周恩来一而主张要说理，一面曾对吴晗说：“吴晗老，我给你换个工作怎么样？”这种保护措施，后来由于形势迅速发展而未能实现。“文化大革命”之初，周恩来就指示北京卫戍区司令傅崇碧对罗瑞卿要“保护好，要保密，不要被人抢走”。他指示吴法宪把罗瑞卿安排到空军医院，吴法宪却请示叶群后予以拒绝。罗瑞卿只好送到另一家医院。当有人要罗瑞卿参加批斗会时，周恩来指示：手术期间不能批斗。有人要把罗瑞卿揪走，周恩来说：“绝不能让抓人。”当一些人还是把罗瑞卿揪走后，周恩来反复做工作，终于把人要回。“文化大革命”中周恩来对于老帅们的保护，更是人所周知的。他很少考虑自己，但对战友们却关怀备至。从1966年12月到次年1月底的50天中，周恩来接见外交学院造反派五次，累计20多小时，其中有一半是说服他们正确对待陈毅的。12月31日．各军事院校“造反派”把几位老帅列为全军资产阶级反动路线代表，周恩来就向他们做工作，说：陈、叶两副主席和刘、徐、聂三位副主席，是拥护毛主席的，“以他们做为全军资产阶级反动路线的代表，是不符合实际的”。“反击二月逆流”后，陈伯达、戚本禹煽动群众攻陈毅，周恩来指示北京卫戍区布置保护陈毅安全的措施。他坚决反对“打倒陈毅”的标语和口号。“造反派”每次批斗陈毅，周恩来都要亲自参加，这是极有力的保护，但又等于陪斗。有一次，他在连续工作18小时后又因遭到一伙人长时间围攻，而心脏病发作。对贺龙的保护，周恩来也是作了最大的努力。1966年7月，康生诬陷贺龙等在北京“调动军队搞二月兵变”。8月，林彪指使吴法宪编造诬陷贺尤的材料。12月，周恩来为了贺龙能正常工作和休息，帮他移住国务院新六所。月底，江青煽动群众造贺龙的反。
1967年1月9日．林彪亲自攻击贺龙。接着，贺龙家被抄。周恩来把贺龙移住到中南海西花厅。不久，中南海也分成了两个群众组织。周恩来对贺龙说：现在中南海也不安全，我另外给你找个安静地方，休息一下，秋天再接你回来。他把贺龙移住到西山某处。对外，他不断嘱告国家体委“造反派”：总理不同意批斗贺龙同志。2月22日，江青要周恩来表态“把贺龙揪出来”。遭到周恩来严辞拒绝。但后来林彪、江青侦知了贺龙藏身之处，把他作了转移，周恩来再也找不到他了。直到林彪摔死，周恩来才得知贺龙已去世；他派人专程接回贺龙夫人薛明，失散五年的孩子们也团聚了。彭德怀是1966年12月被江青指使“造反派”从成都劫往北京的。彭德怀所在单位向中央请示，周恩来下达二条指示：（一）由成都军区派出部队与红卫兵一道护送彭德怀同志到北京。沿途不许任何人截留，不得对他有任何侮辱性的言行，绝对保证他的安全。（二）不坐飞机，由成都军区联系火车来京。（三）由北京卫戍区派部队在北京站等候，并负责安排彭德怀同志的住宿和学习。红卫兵把彭德怀劫持到北京火车站后，立即向戚本禹报告，成本禹眉飞色舞地在“文革”碰头会上通报这个消息，恰好周恩来在场。他立即站起来说：这事由我来处理，由我派人去接。随后他就离开会议室，亲自去安置。彭德怀暂时被“监护”期间，从年底到1967年7月由专案组管理之前，他没有受到后来那种非人的折磨和摧残。
对其他老帅，周恩来也倍加关注。在“文化大革命”混乱期间，他曾在夜深人静的时候，带着傅崇碧等，到几位老帅的住地，视察那里的警卫工作。1967年2月上旬，“造反派”在三座门闹事，矛头指向徐向前。周恩来对此极为重视，并通报给聂荣臻、叶剑英，杨成武、肖华、傅崇碧等。林彪、江青一伙反“二月逆流”，抓“军内一小撮”，一些群众组织要冲击老帅们住地。周恩来专仍找卫戍区领导人研究保护措施，要他们把老帅们安排在安全地方，加强警卫，并研究了万一老帅们受威胁时需要采取的应急措施。这年八一建军节，林彪、江青等坚决反对徐向前、聂荣臻、叶剑英出席招待会，周恩来决定直接向毛泽东请示，得到毛泽东同意，三位老帅仍旧出席了招待会。周恩来为了避免意外，还布置了老帅从住处到人民大会堂的行车路线。10月，老帅们都住在西山，江青指使群众组织去搜山。周恩来知道后，马上指示傅崇碧派两个团前去劝阻、警卫。
1966年12月，当周恩来得知彭真、刘仁、万里、夏衍等被揪走后，立即令傅崇碧、周荣鑫把人找回。他说：“不能开这个先例，不能随便把人抓走”。并指示要保护好他们。后来，卫戍区找回了人，报告了周恩来，周恩来批评了抓人的组织。当一些人要揪斗薄一波时，周恩来批示薄“休养六个月”。去了广州。12月下旬，国家经委“造反派”赴广州揪薄一波，中共广东省委报中央办公厅，周恩来指示：应由军区派队伍按彭德怀的三条，乘火车护送来京。后来，薄一波在被“监护”期间，备受折磨，周恩来指示把他送进医院，进行治疗和保护。当康生煽动一些人制造所谓“六十一人叛徒案件”时，周恩来亲自起草电报给中共中央西北局和吉林省，指出刘澜涛、赵林的出狱问题中央是知道的，同时写信给毛泽东，明确提出他们的出狱确为“中央所决定，七大、八大又均已审查过，故中央必须承认知道此事”。
“文化大革命”中林彪、江青煽动群众打倒刘少奇、邓小平，周恩来则千方百计关怀他们，花了大量的精力。1966年8月召开的中共八届十一中全会，原定从1日到5日开五天。到8月4日，决定延长，开中央政治局生活会。江青在底下布置要大家批判刘少奇、邓小平。生活会一开始，打头阵的是谢富治，几次会上只有周恩来、陶铸始终不发言。9月间在北京先农坛体育场召开的红卫兵万人大会上，周恩来正在讲话时，会场的一角突然喊出了“打倒刘少奇”的口号。周恩来听到后，立刻转过身去，背向会场，表示反对。直到会场平静下来他才继续讲话，说：即使是犯了路线错误的同志，也不能说他是不革命的，更不能说他是反革命的。10月中旬，有的学生在天安门张贴“打倒刘少奇”的大字报，周恩来派童小鹏等去布置劝阻。这时，清华大学“造反派”要王光美去听取批判，周恩来批示：“我准备派人去录音，带回给王光美同志，而不要她去参加会议。”11月中，中央政法学院群众组织要开会批中共北京市委第一书记李雪峰，从他上追刘少奇、邓小平。周恩来得知后通知新华社：刘、邓问题中央已经解决，不要在群众中搞，中央不支持他们开这样的会，新华社、人民日报社、广播电台都不要派人去参加。他给邓小平打招呼，要他尽量少出中南海。12月，清华大学的群众组织又提出要揪王光美回清华检查，请示“中央文革”。“中央文革”回答：凡是革命的行动都支持。周恩来知道后嘱咐，如来要人时必须向他请示，他们揪王光美就与刘、邓联系起来，对刘、邓不宜采取揪斗办法。1967年1月，在江青怂恿下，蒯大富用谎言企图把王光美诓出中南海，周恩来得知后迅速驱车到刘少奇家，可惜王光美已被劫持到清华园。周恩来立即打电话批评蒯大富，指令他迅速送回王光美。蒯大富无视周恩来的指示，周恩来就派秘书到清华坐催，终于接回了王光美。同月，北京“造反派”在中南海各门外叫嚷要揪斗刘少奇、邓小平和其他负责同志，被周恩来断然拒绝。7月，江青、康生、陈伯达等趁毛泽东不在北京之机，策划了100多个群众组织共1．5万余人在中南海西门外安营扎寨，要把刘少奇揪出中南海，几百个高音喇叭对准中南海日夜狂吼。在这滔滔恶浪袭击中，周恩来独撑危局。他亲自打电话批评群众组织头头说：“你们如果冲中南海，就是错误的，错误的，错误的。”他坚定地说：“我就是大炮轰，也不能离开中南海！中南海是党中央所在地，你们要想冲进中南海，除非从我身上踏过去。”他对身边的人说：“只要我住在这里，高音喇叭只能喊，“造反派”不敢冲。我要一走，他们冲进来怎么办？中南海住着的老同志怎么办？”他拼着一身，保护了刘少奇、邓小平和许多掩藏在中南海的领导干部。1968年刘少奇病重，周恩来还动员了北京医院的医护人员去护建。他在当时环境下做了自己能够做到的一切。
周恩来在“文革”中保护干部，是写不胜写的。他以高超巧妙的斗争艺术，保护很多人过关：他在惊心动魄的风浪里，使很多人得到安全。他一批又一批地接被批斗的领导干部住进中南海或者安置在可靠地方：他一次又一次他说服红工兵和“造反派”要尊重宋庆龄等著名人物；他劝“造反派”不要揪斗，要文斗不要武斗，他指示要保护政协机关、民主人士，并对一批上层民主人士直接采取了保护措施。他保护了班禅等宗教界领导人。他亲自写电报稿叫对少数民族代表人士赛福鼎等采取保护方针。他对不少著名的科学家如钱学森、季四光、华罗庚等也都想方设法保护过去。许多知识分子、国家干部甚至普通党员、一般群众，都深深记得在那惊涛骇浪中周恩来对自己的关怀和爱护。对于被揪被斗甚至被“罢官”的党内外干部，他批示工资待遇一律不变，保证了他们的生活。有时候，他根据毛泽东叫保护某人的批示，开列名单保护了一大批；有时候，他采取的保护干部措施事后得到毛泽东的支持。例如，周恩来要傅崇碧把李井泉、王任重、江渭清等20多位大区和省、市委负责人送到安全住所保护起来，严格保密。江青一伙当着周恩来的面追问傅崇碧这些人的下落，追得紧了，傅说了句：“上面知道。”周恩来则坚持不允许他们批斗。当天，傅崇碧见到毛泽东时报告了此事，毛泽东赞同说：“总理做得好。”第二天，江青一伙又拍桌子追问，傅祟碧就说，“你们去问主席吧。”江青一伙不敢再问了，后来，傅崇碧把见毛泽东的情况报告了周恩来，周恩来爽朗地大笑起来。
但是，尽管这样，在“文化大革命”中，党政领导干部被林彪、江青两个反革命集团视为异己，仍受到了很大的损失。周恩来不可能一一顾到，顾到的也不可能一一如愿。到批判所谓“二月逆流”以后，中共中央政治局停止了活动，“中央文革”取代了政治局，军委办事组取代了军委常委会，林彪、江青等攫取了党、政、军的极大权力。幸而政治局常委和“文革”碰头会还有周恩来参加，他在内部力排众议，据理力争，尽可能地减少损失，保护力能保护的一切，保存党和国家的元气。
“文化大革命”起初是在文化教育战线进行的，但很快就波及经济战线。周恩来既要应付“文革”带来的种种冲击，又要应付各部门各地方“造反派”的种种纠缠和林彪、江青反革命集团的阴谋暗箭，还要不分昼夜地了解和处理经济方面出现的各种问题。他曾对余秋里、谷牧等说：“经济基础不乱，局面还能维持。经济基础一乱，局面就没法收拾了。所以，经济工作一定要紧紧抓住，生产绝不能停。”
1966年9月15日，周恩来在接见全国各地来京师生大会上着重讲到：“搞好工农业生产关系很大。”“广大的工人、公社社员、科学技术人员和机关、企业干部，都应当坚守生产岗位。”当时，学生免费乘车“大串连”。周恩来担心的是铁路停断和阻塞，整个国民经济瘫痪。林彪、江青等要“天下大乱”，周恩来则一再嘱咐：工农业生产绝对不能中断，否则后果不堪设想。他采取了许多措施，保证这年农村“三秋”任务的完成和城乡生产建设秩序的暂时稳定。
10月，林彪关于取消《军队院校的文化大革命在撤出工作组后由院校党委领导的规定》的批件发出后，全国掀起了“踢开党委闹革命”的浪潮，大批工交企业领导班子瘫痪了。周恩来十分焦虑，一再讲经济建设要尽可能设法继续进行，强调工交企业要业余闹革命。毛泽东在1966年10月的中央工作会议上提出“抓革命，促生产”的思想后，周恩来立即把它作为与林彪、江青一伙煽动“停产闹革命”作斗争的武器。他亲自主持讨论修改了《人民日报》11月10日社论《再论抓革命促生产》。社论说：“工农业生产稍有间断，就会影响到人民的经济生活。”“在工矿企业、事业单位和农村里搞文化革命，必须在生产以外的时间进行，利用业余时间进行，而不能占用生产的时间，不能离开生产岗位。”当时，林彪、江青一伙鼓吹什么“革命抓好了，生产自然会好”。周恩来多次申明：“我就不相信革命抓好了，生产就会自然上去。”他说：“不搞好生产，工人、农民吃什么？穿什么？我们的国家怎么办？”
11月中旬到12月初的工交座谈会，是一次重大的斗争。陈伯达。王力等企图发布他们起草的文件，否定中央关于工交企业和农村开展“文化大革命”的限制规定。为了防止把工交企业和农村全盘搞乱，周恩来决定把他们起草的文件草案拿到在京西宾馆召开的全国计划和工交工作会议上讨论。谷牧根据周恩来讲话的精神，写了一个修改稿《十五条》。这是一个防止“文革”把工交生产继续搞乱的文件，明确提出工矿企业要业余闹革命，坚持八小时工作制，分期分批进行，学生不能到工厂串连等。11月22日晚，周恩来、李富春把这个稿子向毛泽东作了汇报，得到毛泽东的肯定。但是，12月4日到6日，林彪主持召开中央政治局扩大会议，要听取谷牧关于工交座谈会情况的汇报。谷牧在周恩来的支持下准备了“汇报提纲”，系统地提出了与企图搞乱工交企业的指导思想完全对立的一系列意见和建议。“中央文革”一伙人立即围攻批判。6日，林彪对“汇报提纲”作了彻底否定的总结讲话，说工交座谈会是“错误的，思想很不对头”。这次会后，由陈伯达一伙搞了一个《关于抓革命、促生产的十条规定（草案）》下达全国，规定工人群众可以建立“革命组织”，可以串连等。12月15日，林彪又主持中央政治局扩大会议，通过了《关于农村无产阶级文化大革命的指示（草案）》，下发全国。至此，全国普遍大乱，工农业生产受到严重影响。
1966年上半年，我国经济建设的发展是顺利的，仍然保持着60年代前半期调整国民经济的好势头。下半年，经济建设开始逆转。从1967年1月到1968年，“文化大革命”恶性发展，使经济陷入全面混乱，国民经济遭到严重破坏。各级领导机关陷于瘫痪，正确的方针政策和规章制度遭到批判，经济工作处于无计划、无政府状态，工农业生产水平迅速下降。1967年的工农业总产值比1966年下降9．6％，1968年又比1967年下降4．1％。交通运输量和基本建设都大幅度跌落。1967年5月，周恩来向毛泽东汇报，说明铁路、航运关系到全国交通命脉，决不能中断。毛泽东支持这个意见。周恩来就召集李富春、李先念、叶剑英、余秋里、肖华、构成武、谷牧等讨论，决定发布不许中断铁路轮船交通的命令。尽管周恩来想尽一切可能采取的措施制止生产下降，甚至每天阅读《铁路运输日报》，亲自拟电文，打电话，直接抓生产、运输调度工作，这些都取得了一定效果，但终因动乱的全局无法扭转，他的良好愿望未能完全实现。
1968年12月，周恩来批准召开全国计划会议。这是扭转经济工作无计划无政府状态的又一次重大努力。但是，会议从12月初开始后，各地群众组织的代表在会上争吵不休、互不相让。12月27日凌晨，周恩来疲惫已极。他忧虑地对余秋里说，“今年只有5天了，明年计划还没有搞出来，一些重要的生产资料和人民生活必需品安排哪里生产，往哪里调运，没有个计划怎么行呢！”后来，只好要余秋里先搞一个1969年第一季度的计划安排方案，提出几个关系国计民生的重要指标，经毛泽东、周恩来批准后下达，1969年第一季度将要结束时，召开了全国计划工作座谈会，讨论1969年度计划纲要。周恩来亲自审查修改，并到会上作报告，阐述“以农业为基础，以工业为主导”的发展国民经济的方针，强调了独立自主、艰苦奋斗的重要性，针对林彪、汪青一伙搞形式主义那一套，提出了尖锐批评。他说：毛主席语录已发行7亿多册，毛主席橡章越做越大，已做了22亿个，有些人就是搞封建阶级、资产阶级的作风，我们要的是勤俭之风。
这期间，他同林彪、江青一伙的破坏进行着持续的斗争。1969年7月，二机部汇报说，林彪下令要把在一线的原子能工厂全部迁到三线。周恩来制止了这个毁灭性的破坏。这年4月，他召集李富春、余秋里、粟裕以及国防工办、国防工业军管小组、冶金部、一枫部、三机部、七机部等部门负责人开会，解决飞机生产方面的质量事故问题，对检验制度的取消提出了批评。1970年2月，他在全国计划会议上指出：“合理的规章制度还是要，废除了不行。那是无政府主义思潮。”3月，他在接见全国计划会议代表时又说：“不是不要规章制度，合理的不能破。”从1969年起，工农业生产状况有所好转。这是周恩来和其他老一辈革命家依靠广大干部群众共同努力、坚持斗争得来的。但是，由于当时“左”的错误加上林彪、江青一伙的干扰破坏，盲目冒进的倾向相当严重。林彪一伙借口备战，提出要“用打仗的观点观察一切，检查一切，落实一切”；宣扬“什么比例不比例，打仗就是比例”，盲目大上军工项目，不断扩大规模，造成工业与农业、轻工业与重工业比例严重失调，1970年固定资产投资又过度膨胀。这年2月全国计划会议提出的第四个五年国民经济计划纲要（草案），于同年9月提交中共九届二中全会讨论，由于林彪、陈伯达等的破坏，也没有讨论成，国民经济出现了日益危险的倾向。
对于毛泽东发动和领导的这场“文化大革命”，开始时周恩来是不理解的，正如他1967月29日在群众大会上所说，自己也是“老革命遇到新问题”。但不久后，他看到了这是一场灾难。对于这场灾难，他认为硬顶是不行的，必须“因势利导，否则就会被冲垮”。他说：要做“弄潮儿”，“站在潮头上，做旁观人不行，做对立的把你冲垮”。他把个人的生死荣辱置之度外，1966年冬他对一位领导人说：“我不入地狱，谁入地狱；我不入虎穴，谁入虎穴”；他还说过：“我不入苦海谁入苦海。”这些话表明了他当时的沉重心情和辛毅态度。他忍辱负重，在潮头上审时度势，尽力维护党和国家的利益。他的处境非常困难，一方面要使党和国家的正常工作继续进行，另一方面要尽量减少“文化大革命”所造成的损失，要保护大批党内外的干部。他要同林彪、江青一伙坚持斗争，而斗争又必须限于毛泽东能够接受的程度之内。这是一场既艰苦又强韧的战斗，有时候，甚至不得不说一些不想说不愿说的话，做一些不想做不愿做的事。正如邓小平后来谈到周恩来时所说：“在‘文化大革命’时，他所处的地位十分困难，也说了好多违心的话，做了好多违心的事。但人民原谅他。因为他不做这些事，不说这些话，他自己也保不住，也不能在其中起中和作用，起减少损失的作用。他保护了相当一批人。”周恩来维护了党和国家的大局，相当一批干部保存下来了，经济虽然遭到巨大损失，但终于没有崩溃。这一切，都为后来的恢复和发展准备了条件。
周恩来在“文化大革命”中，常常连续工作十七八甚至二十多小时不得休息，有时连吃饭也顾不上。他曾感慨地对医生说：“‘文革’要让我少活十年。”1967年2月3日，他感到异常不舒服．经医生会诊，发现有了心脏病。他叮嘱秘书保守秘密。这年夏天，他的健康状况显著下降，但仍坚持通宵工作。9月24日，他对邓颖超说：我一到早晨8时左右，精神就不行了，手发抖。到1968年9月，总理办公室被迫撤销，只留下了两个秘书，大量的具体工作都得由70高龄的周恩来亲自动手。人们见他操劳过度，日益消瘦，劝他休息，他总是说：“我是总理，就得什么事也要管啊！管不好怎么向党、向人民交代！”他不能休息。如果他离开岗位，林彪、江青等正是求文不得。正如国外有的作者所说的：“只要他在其位，就可以在处理政府的日常工作中，保持某种明智，对受到威胁的干部给一定保护，可以减轻数百万人的痛苦。此外，他可以阻止野心家篡夺最高权力的企图，防止爆发一场新的悲剧。如果他离职，内战局势势必更加恶化，如果他公开发表自己的看法，使自己成为英雄，其处境将更加困难、不堪设想。”
林彪、江青两个反革命集团，在“文化大革命”的头几年，相互勾结，狼狈为奸，阴谋夺取党和国家的最高权力。但他们在结成联盟的同时，彼此间又存在着尖锐的矛盾。1969年中共“九大”，林彪被确定为毛泽东的接班人。“九大”后，他们间的矛盾增大，到1970年，林彪意识到江青、张春桥等人的势力发展有超越自己的趋势，他图谋提前“接班”，从而发生了在中共九届二中全会上林彪一伙发动的突然袭击，打乱会议的原定议程，提出要设立国家主席，企图让林彪当上国家元首。周恩来协助毛泽东粉碎了这次阴谋。他不顾自己有心脏病，极度操劳，甚至有一回因连续工作36小时而昏厥。这次会后，他按照毛泽东的提议，主持华北会议，揭发批判陈伯达的问题。华北会议推动了批陈整风运动逐渐展开。1971年3月初，林彪说：“南唐李后主有两句诗，‘几曾识干戈，垂泪对宫蛾’，他就是因为不懂得武装斗争的重要性，所以才亡了国。这是前车之鉴，我们不能束手待毙。”他授意林立果搞一个武装暴乱计划。林立果等制订了取名为《“571工程”纪要》的武装政变计划。8月，毛泽东到南方巡视，沿途同五个大军区和十个省、市负责人谈话，点名批评林彪及其一伙。林彪策划在途中杀害毛泽东。在北方，林立果交代必要时“要把周恩来干掉”。由于毛泽东有所察觉，提前在9月12日傍晚回到北京，林彪他们的谋杀计划没有得逞。9月12日前后，周恩来连日在人民大会堂主持讨论、审定第四届全国人民代表大会的《政府工作报告》稿。13日晚10时半左右，他得到报告，北戴河林彪住地出现异常情况而且当地有飞机，周恩来下令追查飞机的行动。午夜12时半，得知林彪乘飞机强行起飞。周恩来立即下令关闭全国机场，所有飞机停飞，开动全部雷达监视天空。1时50分，空军调度室报告：林彪飞机越出国境，进入蒙古，从荧光屏上消失了。周恩来放下电话简，生气地说：“叛徒。”他立即乘车在中南海报告毛泽东。随后，为了毛泽东的安全，他劝毛泽东到人民大会堂暂住，并指挥了拦截林彪死党周字驰等劫持的直升飞机的战斗。3时左右，周恩来根据毛泽东的指示，在人民大会堂主持中央政治局会议，宣布林彪叛逃事件，并作了紧急战备部署，布置保卫北京、保卫中央的工作。后来，得知林彪的飞机在蒙古温都尔汗坠落，机毁人亡。周恩来指示中国驻蒙古大使带随员亲到现场察看，处理善后。
这次事件，周恩来在人民大会堂三天三夜没有睡觉，指挥调度，防止各种突发事件。他的机智果断的处理，周密的安排．使党和国家转危为安。
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